Ghost in the Shell se passa depois de 2029, marcado pelo surgimento de uma nova tecnologia que permite a fusão do cérebro à computação, à rede mundial.Com isso, a barreira entre o mundo físico e digital está se desfazendo, criando novos níveis de existência, mesmo que essa tecnologia não se restringe somente ao cérebro, mas sim ao corpo todo com próteses especiais que aumentam o rendimento do corpo.

Kusanagi Motoko, apelidada de Major pela própria equipe por causa do excelente senso de tática que possuí,comanda uma equipe especial, sob comando de Aramaki Daisuke, chefe da Section 9, uma agência secreta.Ela ocupa esse posto, pois também possuí habilidades especiais, que ela chama de Ghost, uma presença que não se prende ao meio biológico e ao mesmo tempo um 'sexto sentido'. Além de ser uma ótima hacker.